Megfelelően képzett, tapasztalt vizsgáló és modern műszerek esetében a vastagbéltükrözés biztonságos vizsgálat. Az endoszkópos vizsgálat diagnosztikus pontossága, értéke egyértelműen felülmúlja a vizsgálattal járó esetleges kellemetlenségeket, illetve az esetleges, ritkán előforduló szövődmények kockázatát.
A kolonoszkópia invazív eszközös beavatkozás, és mint ilyennek, előfordulhatnak szövődményei. A vizsgálat során jelentkezhet szédülés, hányinger, hasi fájdalom. Talán a leggyakoribb kellemetlenség, hogy az előkészítés, hashajtás, illetve a tükrözéssel járó mechanikus irritáció következtében aranyeres panaszok lépnek fel, főként akkor, ha a betegnek korábban már volt hasonló panasza. Ezek általában enyhék, és konzervatív kezeléssel jól uralhatók. Súlyos szívbetegség esetén szívpanaszok léphetnek fel. A nem megfelelően fertőtlenített eszköz kórokozókat terjeszthet. Az érzéstelenítő, vagy nyugtató injekció beadása után túlérzékenység jelentkezhet Az injekció helyén jelentkezhet bõrpír, fájdalom. Óvatlan vizsgálat során az eszköz átfúrhatja a bélfalat, a nyálkahártya sérülését, ezáltal vérzést okozhat. Szövettani mintavétel után kisebb-nagyobb utóvérzés előfordulhat Az operatív endoszkópos beavatkozások tovább növelik esetleges vérzés, átfúródás veszélyét. A vastagbél sérülése, falának kilyukadása, főként akkor, ha a bél fala daganat vagy gyulladásos betegség következtében elvékonyodott. Ez nagyon ritka, de igen veszélyes szövődmény, és ilyenkor azonnali műtétre van szükség. Ha a betegnek jelentős vastagbélszűkületet okozó elváltozása van, akkor a hashajtás során előfordulhat, hogy bélelzáródása (ileusz) alakul ki, ami szintén sürgős műtétet tehet szükségessé.
A súlyos, illetve műtéti ellátást igénylő szövődmény kialakulásának veszélye ennek ellenére nem több, mint 1:1000-hez.