Vannak olyan, az életet közvetlenül veszélyeztető állapotok, melyekben a vizsgálat elvégzése kontraindikált:
- heveny szívizomelhalás, szívinfarktus
- krónikus légzőszervi betegség okozta oxigénhiányos állapot
- a kiváltó októl függetlenül bármely sokkos állapot (pl. vérkeringést megingató alsó tápcsatornai vérzés)
- gyógyszeresen nem befolyásolható magasvérnyomás-betegség
- heves lefolyású colitis, toxicus megacolon
- vastagbél átfúródása (perforáció)
- magas kockázatú állapotokban (nem korrigált véralvadási zavar, súlyos szívkoszorúér-betegség, szívizominfarktus utáni néhány hétben, friss vastagbélműtét utáni állapot, heveny hashártyagyulladás, heveny diverticulitis, nagyméretű hasi aortatágulat [aneurysma]) a vastagbéltükrözés elvégzése viszonylagos ellenjavallatot jelent
Fent említett kórképek esetében mindig az életveszélyt okozó alapbetegség megoldása az elsődleges cél. Csakis ezután kerülhet sor a vastagbéltükrözésre.
Nem végezhető el a kolonoszkópia a beteg együttműködésének hiányában, valamint a beteg (törvényes képviselő) írásos beleegyezése nélkül sem.
Terhesség esetén, ha mindenképpen szükséges a vastagbél vizsgálata, elsősorban csak a rectosigmoidoscopia elvégzése javasolt. Ilyenkor csak a végbél és a szigmabél vizsgálata történik meg.
Terhesek esetén nem szabad vizsgálatot elvégezni fenyegető koraszülés, méhlepényleválás, idő előtti burokrepedés, terhességi eklampszia (rángógörcs-roham) esetében.