Megfelelően képzett, tapasztalt vizsgáló és modern műszerek esetében a gyomortükrözés biztonságos vizsgálat. Az endoszkópos vizsgálat diagnosztikus pontossága, értéke egyértelműen felülmúlja a vizsgálattal járó esetleges kellemetlenségeket, illetve az esetleges, ritkán előforduló szövődmények kockázatát.
A gasztroszkópia invazív eszközös beavatkozás, és mint ilyennek, előfordulhatnak szövődményei. A vizsgálat során jelentkezhet szédülés, hányinger, puffadás érzése. Kaparó, kellemetlen érzés a torokban. Súlyos szívbetegség esetén szívpanaszok léphetnek fel. A nem megfelelően fertőtlenített eszköz kórokozókat terjeszthet. Óvatlan vizsgálat során az eszköz, a nyálkahártya sérülését, ezáltal vérzést okozhat. Az operatív endoszkópos beavatkozások tovább növelik esetleges vérzés, átfúródás veszélyét. A súlyos, illetve műtéti ellátást igénylő szövődmény kialakulásának veszélye ennek ellenére nem több, mint 1:10.000-hez.